Zu den komplexesten Folgen der ertragsteuerlichen Organschaft zählt die Abwicklung von sogenannten Mehr- oder Minderabführungen in der Bilanz des Organträgers. Bislang sollten dafür in der Steuerbilanz des Organträgers besondere aktive oder passive Ausgleichsposten gebildet werden, deren Charakter seit jeher umstritten war.
Beispiel: Eine Organgesellschaft bildet eine Drohverlustrückstellung in Höhe von 10.000 EUR. Da Drohverlustrückstellungen in der Steuerbilanz nicht gebildet werden dürfen, ist der abzuführende Jahresüberschuss um 10.000 EUR kleiner als der steuerliche Gewinn der Organgesellschaft. Es handelt sich um eine sogenannte Minderabführung. In der Steuerbilanz des Organträgers ist daher ein aktiver Ausgleichsposten zu bilden (oder ein passiver zu verringern).
Ab 2022 hat das Gesetz zur Modernisierung des Körperschaftsteuerrechts (KöMoG) an dieser Stelle zu einer Änderung geführt: Neuerdings erhöhen solche Minderabführungen unmittelbar den Beteiligungsbuchwert des Organträgers an der Organgesellschaft. Bislang gebildete Ausgleichsposten sind aufzulösen.
Zu Einzelfragen (u.a. Übergangsregelungen, mittelbare Organschaften, Kettenorganschaften, Verrechnung von Mehr- und Minderabführungen) hat das Bundesfinanzministerium (BMF) einen Entwurf für ein ausführliches BMF-Schreiben herausgegeben. Dieser wurde an zahlreiche Verbände zur Stellungnahme übersandt. Anschließend wertet das BMF die Antworten aus und wird wohl in Kürze eine endgültige Fassung veröffentlichen.